Dre. Joelle Pelletier

Monolithes biocatalytiques : monolithes polymères macroporeux pour l'immobilisation d'enzymes

Développer un monolithe biocatalytique avec une morphologie co-continue et une surface décorée avec des biocatalyseurs enzymatiques grâce à un traitement par fusion de polymères et une immobilisation covalente pour augmenter la stabilité et la réutilisation des enzymes.

Collectionner les disques 33 tours, jouer de la trompette, faire du vélo temporairement.

Bucaramanga, Colombia

Dre. Joelle Pelletier

Transmission de la résistance aux antibiotiques dans les populations humaines par les réductases de dihydrofolate de type B

Les réductases de dihydrofolate de type B (DfrB) sont possiblement liées à la résistance au triméthoprime chez les bactéries porteuses de DfrB. Des homologues de DfrB existent dans une grande variété d'environnements, et certains homologues semblent avoir été mobilisés dans le résistome. Mon projet vise à identifier les événements qui ont mobilisé les gènes dfrB dans des pathogènes cliniquement pertinents grâce à des analyses génomiques et métagénomiques, ainsi qu’à évaluer expérimentalement la résistance qu'ils confèrent.

Escalade, yoga, randonnée, natation, puzzles, et jeux de société.

Montréal, Québec, Canada

Dr. Andrew Woolley

Conception d'une méthode générale pour induire une liaison protéine-protéine dépendante à de la lumière

Les affibodies sont de petites protéines ingénierées basées sur le domaine Z qui se lient à une cible spécifique. Ce sont des outils moléculaires utiles, car elles peuvent être utilisées comme ligands d'affinité pour une large gamme de cibles biologiques. Des ligands contrôlés par la lumière ont été ingénierés pour des protéines spécifiques, mais ces conceptions sont très personnalisées et ne peuvent pas être transférées à d'autres protéines. Notre objectif est de concevoir une méthode générale pour induire des interactions protéine-protéine de manière dépendante à la lumière grâce à l’ingénierie d’affibodies à commutation lumineuse.

Jouer à des jeux vidéo, écouter de la musique, faire de très longues promenades.

Markham, Ontario, Canada

Dr. Roberto Chica

Développement de méthodes pour la conception d'enzymes de novo

Les enzymes catalysent des réactions chimiques avec une accélération et une sélectivité exceptionnelle, ce qui en fait des biocatalyseurs attractifs pour diverses applications. Les enzymes naturelles sont utilisées par de nombreuses industries, mais de nombreux produits nécessitent des catalyseurs pour des réactions qui ne sont pas catalysées par une enzyme naturelle. Ainsi, la capacité de concevoir une enzyme pour n'importe quelle réaction sur demande est un objectif majeur de la conception des protéines. Cependant, les enzymes de novo développées à l'aide des méthodes computationnelles et des outils d'apprentissage automatique actuels n'atteignent pas l'amélioration du taux de leurs homologues naturels.

Football, musique, randonnée, et voyage.

Ottawa, Ontario, Canada

Dr. Roberto Chica

Nouvelles approches pour de nouvelles réactions - Utilisation d'ensembles de squelettes protéiques pour la conception informatique d'une MBHase

Mon projet de recherche vise à concevoir une enzyme de novo pour catalyser la réaction de Morita-Baylis-Hillman (MBH), une transformation précieuse qui génère des molécules chirales fonctionnalisées pour la synthèse chimique. Les catalyseurs MBH traditionnels souffrent d'une faible énantiosélectivité et d'une sélectivité limitée de substrats. Les conceptions enzymatiques existantes, développées via l'évolution dirigée, ont montré une activité moindre malgré un excès énantiomérique élevé. Pour relever ces défis, ce projet utilise la conception basée sur des ensembles (EBD) pour explorer divers squelettes protéiques et améliorer l'efficacité catalytique par l'échantillonnage conformationnel et la stabilisation de l'état de transition. La méthodologie comprend la modification des domaines de protéines de MBHase existants afin de générer de nouveaux variants. Ce travail utilisera de nouveaux outils informatiques, tels que RFdiffusion et LigandMPNN pour la génération de squelettes protéiques et l'optimisation du site actif, suivis d'une validation par AlphaFold et des simulations de dynamiques moléculaires. Les candidats prometteurs seront caractérisés expérimentalement pour identifier des variants de MBHase hautement actives, fournissant un biocatalyseur innovant et efficace pour la réaction MBH, tout en établissant un cadre robuste pour la conception enzymatique future.

Lecture, randonnée, jeux vidéo et lore, écoute d'essais vidéo.

Calgary, Alberta, Canada

Dr. Roberto Chica

Conception computationnelle d'enzymes artificielles à partir de squelettes protéiques de novo

Les enzymes sont reconnues pour leur efficacité exceptionnelle en tant que catalyseurs dans divers processus industriels. Cependant, le spectre des réactions que les enzymes naturelles peuvent faciliter est limité. Ainsi, la création d'enzymes artificielles capables de catalyser toute réaction souhaitée est devenue un objectif clé dans l'ingénierie des protéines. Bien que de nombreuses enzymes artificielles aient été développées avec succès à partir de rien, elles sont encore loin d'égaler l'efficacité des enzymes naturelles. Mon projet vise à établir une approche computationnelle pour concevoir de nouvelles enzymes dont l'efficacité catalytique serait comparable à celle observée dans la nature.

Cuisine, activités en plein air.

Abidjan, Côte d’Ivoire