ÉTUDIANTS

2020 - 2022

Jordan Pham

Candidat à la maîtrise
Département de Chimie et Sciences
Biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. John Pezacki

Projet:

Modification d'Ago2 à l'aide d'acides aminés non naturels photoactivables pour de nouvelles fonctionnalités

Description:

Mon projet utilisera l'expansion du code génétique pour ajouter une capacité de réticulation spécifique au site à la protéine de liaison à l'ARN Ago2 pour une réticulation à haut débit et une immunoprécipitation pour profiler les cibles d'ARN d'Ago2 par des méthodologies de séquençage. Les méthodes actuelles telles que HITS-CLIP et PAR-CLIP utilisent une réticulation non sélective qui peut endommager les cellules et conduire à une réticulation non spécifique avec l'ARN et l'ADN. L'utilisation d'acides aminés non naturels peut entraîner une réticulation plus propre et plus sélective.

Loisirs:

Lire, jouer au tennis et trouver une nouvelle recette pour cuisiner (et brûler accidentellement).

Ville Natale:

Ottawa, Ontario, Canada


Toka Hussein

Candidate à la maîtrise
Département de Chimie et Sciences
Biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. Jean-François Couture & Dr. Jyh-Yeuan Lee

Projet:

Comprendre la relation structure-fonction des transporteurs de cassettes de liaison ATP (ABC)

Description:

Plusieurs membres des protéines ABCG (une sous-famille des protéines ABC) facilitent le transport des lipides et des stérols à travers la membrane cellulaire. Malgré un rôle aussi polyvalent en physiopathologie, les détails moléculaires restent insaisissables sur la façon dont les protéines ABCG effectuent le transport du cholestérol dans les cellules. En utilisant des outils d'ingénierie des protéines et des techniques de détermination structurale, et sous la co-supervision des Drs. Jean-François Couture et Jyh-Yeuan (Eric) Lee, l'objectif de ce projet est d'étudier les caractéristiques structurales et fonctionnelles des protéines ABCG.

Loisirs:

J'aime les activités de plein air et les sports avec des amis comme la randonnée, le vélo et l'observation des étoiles. J'apprécie le tennis de table, en regardant des films, en lisant, en voyageant vers de nouveaux endroits et en apprenant sur différentes cultures et histoire. Je fais aussi quelques voix off et chante pendant mon temps libre.

Ville Natale:

Giza, Egypt


Jonathan Besna

Candidat à la maîtrise
Département de Chimie , Université de Montréal

Superviseur:

Dre. Joelle Pelletier

Projet:

Développement d'algorithmes de simulations prédictives d'applications biocatalytiques des enzymes Cytochrome P450

Description:

La cytochrome P450 BM3 d'origine bactérienne est une enzyme connue pour son oxydation spécifique d'un groupe alkyle en groupement hydroxyle. Une telle réaction d'hydroxylation spécifique, à la fois régio- et stéréosélective, présente un avantage significatif pour la synthèse de plusieurs composés pharmaceutiques. Cette réaction enzymatique permet de meilleur rendement à de faibles coûts, tout en réduisant le temps et l'effort investi comparativement aux méthodes de synthèses chimiques traditionnelles. Pour tester les molécules chimiques potentielles pouvant bénéficier de cette réaction enzymatique, des simulations prédictives par ordinateurs seraient favorables pour minimiser les coûts et pour trouver des molécules pouvant réagir avec cette enzyme. Ainsi, ce projet sera basé sur le développement d'un algorithme de prédiction de substrats biocatalytiques d'intérêt pour le domaine pharmaceutique, compatible avec des variants de l'enzyme CYP450 BM3.

Loisirs:

Lire, faire du sport (soccer et basket-ball), écouter de la musique et cuisiner.

Ville Natale:

Montréal, Québec, Canada


Kiana Lanfontaine

Candidate à la maîtrise
Département de Chimie , Université de Montréal

Superviseur:

Dre. Joelle Pelletier

Projet:

Détermination de la résistance des protéines DfrBH et leur homologie aux DfrBs

Description:

La résistance aux antibiotiques fut observée avec le triméthoprime, un antibiotique synthétique utilisé en clinique pour inhiber l’enzyme dihydrofolate reductase chromosomale (cDfr) retrouvé dans les bactéries. La résistance au triméthoprime a été associée au type A et type B dihydrofolate réductases (DfrA et DfrB). Où les DfrA sont des mutants des cDfr, mais les DfrB ne sont pas reliés génétiquement ou structurellement aux cDfr. À l’aide de données métagenomique, 5 protéines non-caractérisées ont été identifiées comme des homologues distants au DfrB, soit les DfrBH, où ces derniers ont une homologie structurale prédit avec les DfrB. L’objectif du projet est de caractériser les DfrBH; peuvent-ils conférer une résistance au triméthoprime? Ont-ils une activité dihydrofolate réductase? Finalement, pour vérifier la possibilité d’homologie entre les DfrBH et les DfrB, l’inhibition des DfrBH avec les inhibiteurs DfrB indiquerait une homologie structurale.

Loisirs:

Soccer, ski, lecture.

Ville Natale:

Piedmont, Québec


Ali Tehfe

Candidat à la maîtrise
Département de Chimie et Sciences
Biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. Corrie daCosta

Projet:

Analyse statistique du couplage des canaux ioniques ligand-dépendants

Description:

Mon projet utilisera l'analyse de couplage statistique (SCA) pour obtenir des informations sur des groupes d'acides aminés coévolutionnaires appelés "secteurs protéiques" dans les canaux ioniques à ligand pentamérique (pLGIC), que je pourrai ensuite manipuler expérimentalement en utilisant des techniques d'ingénierie des protéines et d'électrophysiologie pour étudier les contributions relatives du réseau de résidus en interaction à l'activation de déclenchement du canal pLGIC lors de la liaison de l'agoniste.

Loisirs:

Art, cinéma, programmation informatique et jardinage, entre autres intérêts.

Ville Natale:

 Ottawa, Ontario, Canada


Christine Hum

Candidate à la maîtrise
Département de Chimie et Sciences
Biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. John Pezacki

Projet:

Profilage fonctionnel de l'hélicase SARS-CoV-2 Nsp13

Description:

L'hélicase SARS-CoV-2 Nsp13 est un composant important impliqué dans la réplication du coronavirus. Bien que cette protéine multifonctionnelle soit connue pour être capable de démêler l'ADN et l'ARN double brin d'une manière dépendante du NTP, l'activité de liaison et le mécanisme de déroulement ne sont pas bien connus. Ainsi, ce projet impliquera l'ingénierie des protéines Nsp13 avec des acides aminés non naturels photoactivables comme moyen d'étudier la fonction de l'hélicase et de cribler des inhibiteurs potentiels.

Loisirs:

Lecture, peinture, photographie et randonnée.

Ville Natale:

 Ottawa, Ontario, Canada


Upneet Bala

Candidate à la maîtrise
Département de Chimie, Université de Waterloo

Superviseur:

Dre. Elizabeth Meiering & Dre. Subha Kalyaanamoorthy

Projet:

Ingénierie rationnelle d'une cutinase thermostable

Description:

L'utilisation omniprésente et la durabilité du polyéthylène téréphtalate (PET) dans l'environnement menacent la santé de nombreux écosystèmes. Pour aggraver la situation, les méthodes de recyclage actuelles peuvent créer des sous-produits toxiques / du PET de qualité inférieure; par conséquent, la dégradation enzymatique du PET est examinée comme une alternative plus écologique. Plusieurs enzymes (cutinases, PETase) ont la capacité de dégrader le PET à des taux variables, mais aucune ne peut fonctionner efficacement aux températures requises pour le recyclage à l'échelle industrielle. Ainsi, dans notre projet, nous nous efforçons de concevoir de manière rationnelle une cutinase déjà thermostable pour une activité de dégradation du PET améliorée en utilisant une stratégie combinée de bioinformatique, de modélisation et d'expérimentation.

Loisirs:

Sports, randonnée, escalade, jeux de stratégie, musique.

Ville Natale:

Maple Ridge, BC


Giang Le

Candidat au doctorat
Département de Chimie, Université de Toronto

Superviseur:

Dr. Andrew Woolley

Projet:

Ingénierie d'affibodies commutables

Description:

Les anticorps sont des réactifs largement utiles avec des applications allant de la science fondamentale à la thérapeutique. La fabrication d'anticorps / monocorps photo-contrôlés améliorerait leur utilité en permettant des applications à des processus dynamiques. Cependant, les stratégies actuelles présentent des inconvénients, notamment le manque de réversibilité et la présence de liaisons disulfure intramoléculaires. Nous visons à contourner ces inconvénients en développant une approche générale de l'ingénierie des affibodies commutables à la lumière efficaces.

Loisirs:

Jouer au volley-ball et lire (en particulier des livres liés à l'histoire).

Ville Natale:

Nghe An, Viet Nam


Alana Rangaswamy

Candidate au doctorat
Département de Chimie et Sciences
Biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. Jeffrey Keillor

Projet:

Évolution dirigée d'une hydrolase de nylon

Description:

L'accumulation de plastiques non biodégradables dans l'environnement constitue une menace importante pour la santé des écosystèmes. La dégradation de ces plastiques peut être obtenue grâce à la biocatalyse, une alternative potentiellement plus verte au recyclage industriel ou à la pyrolyse. Dans ce projet, nous cherchons à évaluer la transglutaminase bactérienne (bTG), une enzyme qui catalyse la formation de liaisons amides, et catalyse notamment l'hydrolyse de ces liaisons dans le sens inverse, pour son potentiel de dégradation du nylon. La modification itérative des résidus cherchera à améliorer l'affinité de l'enzyme pour les fractions de type nylon, vers un biocatalyseur plus efficace et sélectif.

Loisirs:

J'aime dessiner, peindre, faire la musique, et trouver les chats.

Ville Natale:

Kitchener-Waterloo, Ontario


Quynh Tran

Candidate au doctorat
Département de Biologie, INRS

Superviseur:

Dr. Nicolas Doucet

Projet:

Démonstration des différences structurelles et fonctionnelles des ribonucléases éosinophiles à l'aide de la reconstruction de séquence ancestrale

Description:

Les ribonucléases (RNases) 2 et 3 de type éosinophile jouent un rôle important dans la défense de l’hôte chez l’humain. Ces deux enzymes sont soumises à un processus de divergence évolutive considérablement rapide et semblent avoir émergé il y a environ 50 millions d’années suite à un événement de duplication de gènes. Dans la présente étude, la reconstruction de la séquence ancestrale des RNases 2 et 3 a été réalisée en collaboration avec le groupe de Mike Harms (U. Oregon). À l’aide du logiciel PhyML, des ancêtres ont été déduits d’un arbre phylogénétique construit à partir de 26 séquences canoniques de RNases de vertébrés distinctes, incluant des séquences de poissons et de sauropsides. Des techniques expérimentales comprenant l’expression recombinante, le repliement et la purification des protéines nous permettront de « ressusciter » cet ancêtre putatif afin d’étudier sa fonction biologique et ses propriétés structurales. Des études cristallographiques et de dynamique moléculaire, ainsi que la caractérisation antibactérienne et cytotoxique de cette RNase ancestrale, permettront de mieux comprendre le rôle des modifications spécifiques des résidus qui sont apparus au cours de l’évolution, en plus de contribuer à une meilleure compréhension des relations structure-activité au sein de la superfamille des RNases A.

Loisirs:

Cuisine et jardinage.

Ville Natale:

Vietnam


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