ÉTUDIANTS

2019 - 2021

Louise Connell

Candidate à la maîtrise
Département de Chimie et Sciences
Biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. Corrie daCosta

Projet:

Reconstruction ancestrale pour examiner la compatibilité des sous-unités dans les canaux ioniques

Description:

Les récepteurs de l'acétylcholine de type musculaire humain sont un type de canaux ioniques pentamériques liés par un ligand, qui peuvent être constitués de plusieurs arrangements de sous-unités, allant de cinq sous-unités identiques à cinq différentes. Cependant, certaines combinaisons de sous-unités ne sont pas compatibles, et les déterminants spécifiques des acides aminés de cette compatibilité restent inconnus. J'étudierai le récepteur de l'acétylcholine de type musculaire chez l'homme en utilisant une approche de biochimie évolutive dans le but de découvrir ces déterminants de la compatibilité.

Loisirs:

Escalade, lecture, tricot, peinture, canotage, camping.

Ville Natale:

Toronto, Ontario, Canada


Sandrine Legault

Candidate à la maîtrise
Département de Chimie et Sciences
Biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. Roberto Chica

Projet:

Augmentation de la brillance de protéines fluorescentes par réduction de dynamique structurale

Description:

Les protéines fluorescentes rouges (RFPs) sont très utiles dans le domaine de la recherche en tant qu’outils d’imagerie grâce à leur longueur d’onde d’émission élevée qui réduit leur phototoxicité cellulaire et qui leur permet une meilleure pénétration à travers les tissus. Cependant, les RFPs ont tendance à être moins brillantes que d’autres protéines fluorescentes. À l’aide de méthodes de spectroscopie par résonance magnétique nucléaire et de mutagénèse, le but de mon projet est de proposer une nouvelle approche rationnelle pour augmenter la brillance des RFPs selon laquelle l’introduction de mutations distales à des sites spécifiques rigidifierait le chromophore.

Loisirs:

Je suis une passionnée de pièces de théâtre qui aime cuisiner, voyager et participer à des cours de danse jazz et contemporaine.

Ville Natale:

Gatineau, Québec, Canada


Adem Parisien

Candidat à la maîtrise
Département de Chimie , Université de Montréal

Superviseur:

Dre. Joelle Pelletier

Projet:

Conjugaison anticorps-drogues assistée par la transglutaminase microbienne

Description:

La transglutaminase est une enzyme hautement polyvalente qui permet la formation de liens amides entre des composés aminés et une glutamine située sur la surface d'une protéine. Malgré que le mécanisme exact expliquant la sélectivité de cette enzyme pour des glutamines particulières est encore mal compris, cette enzyme est déjà utilisée dans plusieurs industries, telle que l'industrie agroalimentaire. Dans le cadre de ce projet, cette enzyme sera utilisée afin de conjuguer des drogues aminées sur un anticorps humain. Des études subséquentes sur les mutants réactifs à la transglutaminase pourront fournir des informations importantes sur la sélectivité de cette enzyme.

Loisirs:

Lecture, natation, camping, musique et comédie.

Ville Natale:

Montréal, Québec, Canada


Max Reed

Candidat au doctorat
Département de Chimie, Université de Toronto

Superviseur:

Dr. Andrew Woolley

Projet:

La création de PYP pour l’utiliser comme un outil photosensible à usage général

Description:

Les protéines qui modifient leur structure et leur fonction en fonction de l'exposition à la lumière sont très prometteuses dans l'ingénierie des systèmes biologiques, car elles peuvent répondre à un stimulus non invasif et facilement modifié. Cependant, la possibilité de créer de nouvelles interactions photo-protéines commutables avec photo est actuellement limitée. Ce projet vise à créer un moyen général d’engager un partenaire de liaison capable d’interagir avec une cible arbitraire de manière contrôlée. Le projet y parviendra en affichant la protéine PYP sensible à la lumière sur le phage et en alternant les tours de panoramique pour l'affinité avec une cible à la lumière et dans l'obscurité. Cela permettra de sélectionner une interaction qui ne se produit que dans l'une des deux conditions d'éclairage.

Loisirs:

Étudier l'histoire, le théâtre.

Ville Natale:

Guelph, Ontario, Canada


Julia Steckner

Candidate à la maîtrise
Département de Chimie, Université de Waterloo

Superviseur:

Dre. Elizabeth Meiering

Projet:

Construction de l'échafaudage des protéines de liaison 10Fn3

Description:

Les protéines du 10ème domaine de la fibronectine de type III (Fn3) sont de petites protéines stables analogues à la β-sandwich, capables de se lier à diverses cibles avec une affinité et une spécificité comparables à celles des anticorps. Ils lient leurs cibles avec trois boucles à l'interface sandwich analogues à celles des régions déterminant la complémentarité des anticorps; la structure 10Fn3 tolère remarquablement bien les modifications de ces régions de boucle. Ce projet étudiera les caractéristiques structurelles de l'échafaudage principal 10Fn3 nécessaires à la stabilité globale et locale, ainsi que l'impact des attributs d'échafaudage principaux sur la spécificité et l'affinité de liaison. Les données expérimentales sur la stabilité thermique du 10Fn3, l'énergie de liaison et la structure et la dynamique du complexe cible-10Fn3 seront collectées sur une banque de variants utilisant la calorimétrie différentielle, la calorimétrie par titrage isotherme et la spectroscopie RMN, respectivement. Ces données éclaireront les modèles informatiques dans le but de concevoir de manière rationnelle un échafaudage robuste qui servira de base aux travaux d’ingénierie contraignants.

Loisirs:

Randonnée pédestre, jeux de société, crochet, lecture.

Ville Natale:

Kilbride, Ontario, Canada


Gabriel Sullivan

Candidat à la maîtrise
Département de chimie et sciences
biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. John Pezacki

Projet:

Adapter le système CRISPR / Cas9 à de nouvelles fonctionnalités

Description:

Une approche que je vais explorer consiste à concevoir le complexe Cas9 de manière à ce que l'ARN guide Cas9 utilisé pour cibler des séquences génomiques spécifiques à des fins d'édition soit réticulé de manière covalente. Cela facilitera la livraison d'outils d'édition de gènes qui contiennent de manière fiable tous les composants du complexe d'édition de gènes.

Loisirs:

La course, fin gourmet, mixologie, guitare.

Ville Natale:

Aylmer, Québec, Canada


Mike Tarasca

Candidat à la maîtrise
Département de Chimie, Université de Waterloo

Superviseur:

Dre. Elizabeth Meiering

Projet:

Caractérisation des structures des agrégats de protéines par échange d'amide désactivé

Description:

J'obtiens des données en utilisant des expériences de résonance magnétique nucléaire à échange d'amide désactivé sur des protéines à agrégation naturelle, afin de déterminer la structure de l'agrégat de protéines. J'utiliserai ces données pour concevoir ensuite des protéines qui s'agrégeront dans des structures spécifiques.

Loisirs:

Je passe mon temps libre à jouer au hockey, à cuisiner et à lire.

Ville Natale:

Bolton, Ontario, Canada


Niayesh Zarifi

Candidate à la maîtrise
Département de chimie et sciences
biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. Roberto Chica

Projet:

Outils optiques pour le contrôle spatiotemporel multiplexe de l’expression des gènes grâce à CRISPR-Cas9

Description:

Ce projet vise à remédier aux inconvénients actuels dans le domaine de la conception d’enzymes grâce à la mise au point d’un protocole véritablement In Silico Directed Evolution, appelé "InSiDE". Le protocole InSiDE sera utilisé pour concevoir efficacement des enzymes en prenant en compte avec précision tous les états pertinents du point de vue catalytique, ainsi que la dynamique conformationnelle des protéines. Ce protocole informatique associera la conception méta-multi-états (méta-MSD), une approche informatique développée dans le laboratoire Chica pour concevoir des états sur une coordonnée de réaction complète, avec une évaluation approfondie de la dynamique conformationnelle de l’enzyme à l’aide de simulations à dynamique moléculaire améliorée. Pour valider l'approche informatique conçue, la méthode InSiDE sera utilisée pour ajuster l'allostéryse du tryptophane synthase en adaptant sa sous-unité β à une efficacité catalytique autonome très active.

Loisirs:

lecture, natation, photographie, cyclisme.

Ville Natale:

Kish Island, Iran


Claudèle Lemay-St-Denis

Candidate au doctorat
Département de Chimie, Université de Montréal

Superviseur:

Dre. Joelle Pelletier

Projet:

La dynamique protéique des ß-lactamases est-elle liée à l'acquisition de la résistance aux antibiotiques?

Description:

Les bactéries ont développé des mécanismes pour résister à la pénicilline et ses dérivés, dont par la production de ß-lactamases. Une compréhension de l’implication du dynamisme dans l’adaptabilité des ß-lactamases permettra de concevoir des approches plus efficaces pour le traitement d’infections bactériennes. Également, la compréhension du rôle du dynamisme dans l’adaptabilité des protéines à une nouvelle fonction favorisera l’augmentation l’efficacité de l’ingénierie des protéines.

Loisirs:

Voyager, badminton, lire.

Ville Natale:

Montréal, Québec, Canada


Rojo Rakotoharisoa

Candidate au doctorat
Département de chimie et sciences
biomoléculaires, Université d’Ottawa

Superviseur:

Dr. Roberto Chica

Projet:

Vers une nouvelle méthodologie pour la conception d’enzyme de novo

Description:

Les enzymes sont d’exceptionnelles catalyseurs de plus en plus utilisés dans des fins thérapeutiques et industrielles. Cependant, les enzymes naturelles catalysent une fraction limitée de réactions nécessaires aux applications industrielles. Ainsi, durant ces dix dernières années, la conception d’enzymes artificiels capable de catalyser n’importe quelles réactions a fait l’objet de nombreuses recherches dans le domaine de la conception de protéines par ordinateur ou Computational protein design (CPD). Bien que beaucoup d’enzymes de novo ont été conçus avec succès, ceux-ci n’ont pas réussi à atteindre l’efficacité des enzymes naturelles, requérant ainsi l’amélioration de leur activité par évolution dirigée. Le but de mon projet, avec l’aide du CPD est de mettre en place une méthodologie permettant de concevoir des enzymes de novo avec une efficacité similaire à celle des enzymes naturels.

Loisirs:

J’aime voyager, lire des livres historiques et science fictions. J’aime les activités extérieures telles que la randonnée en montagne ainsi que la marche.

Ville Natale:

Antananarivo, Madagascar

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