RENCONTREZ L’ÉQUIPE

Roberto Chica

Directeur
Professeur agrégé
Département de chimie et sciences
biomoléculaires, Université d’Ottawa

Description:

Le groupe Chica conçoit de nouvelles protéines adaptées à des applications en chimie et en biologie. Il travaille précisément sur de nouveaux biocatalyseurs pour la synthèse asymétrique d’acides aminés non protéinogènes et sur des biocapteurs utilisant des protéines fluorescentes à des fins d’imagerie in vivo. Pour atteindre ses objectifs, le groupe crée et applique des algorithmes à la fine pointe de la technologie destinés à la conception informatique de protéines afin de prédire les mutations qui permettront d’obtenir les propriétés recherchées. Avec cette méthode, il a réussi à prédire la stabilité, la spécificité et la dynamique des protéines et à les créer selon ces paramètres. L’équipe se concentre maintenant sur l’allostérie et la catalyse enzymatique.

Mots clés:

Conception de protéines par ordinateur; biocatalyse; enzymes; biocapteur; protéines fluorescentes; dynamique des protéines

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Andrew Woolley

Corécipiendaire
Professeur titulaire
Département de chimie, Université de Toronto

Description:

Le groupe Woolley conçoit et caractérise des protéines photorégulées. La recherche sur ces protéines fournit des connaissances fondamentales sur la conformation, le repliement des chaînes et la dynamique des protéines. Elle mène aussi au développement d’outils puissants (souvent appelé outils optogénétiques) servant à l’analyse et à la conception de systèmes biologiques complexes. Les étudiants du groupe apprendront à concevoir, découvrir, exprimer, caractériser et utiliser des protéines que l’on peut activer et désactiver par la lumière. Ces protéines ont des applications dans des domaines allant de la neurobiologie à la production de biocarburants.

Mots clés:

Optogénétique; expression phagique; RMN; conception de protéines; modification chimique

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Corrie daCosta

Corécipiendaire
Professeur adjoint
Département de chimie et sciences
biomoléculaires, Université d’Ottawa

Description:

Le groupe daCosta cherche à comprendre, à l’échelle atomique, la fonction, le mécanisme d’action et la structure des récepteurs ionotropes afin de les utiliser, après modifications, comme capteurs moléculaires. Grâce à une approche évolutionniste de la biochimie, l’équipe a construit et étudié des canaux ioniques ancestraux pour révéler leur évolution et découvrir les changements de séquences d’acides aminés qui ont mené aux structures actuelles et à toute leur diversité fonctionnelle. En parallèle, l’équipe joue aussi avec la spécificité des agonistes des récepteurs ionotropes dans le but de créer une nouvelle classe de biocapteurs.

Mots clés:

Récepteurs ionotropes; reconstruction de protéines ancestrales; biochimie évolutionniste; électrophysiologie patch-clamp

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Site web:


Elizabeth Meiering

Corécipiendaire
Professeure titulaire
Département de chimie, Université de Waterloo

Description:

Le groupe Meiering vise à prédire l’effet des déterminants moléculaires du repliement des chaînes, de l’agrégation, de la fonction et de la conception de protéines selon leur quantité. Il étudie des protéines d’une importance fondamentale pour la biologie, la biotechnologie et la médecine en exprimant et en purifiant des protéines recombinantes, et en analysant leurs propriétés par des techniques biochimiques et biophysiques. Ses projets comprennent la modification de la stabilité des protéines sur les plans cinétique et thermodynamique, l’étude du repliement des chaînes et de la fonction de l’hisactophiline, et le repliement des chaînes et l’agrégation des protéines dans les cas de mutations du gène SOD1 associées à la SLA.

Mots clés:

Repliement des protéines; agrégation des protéines; fonction des protéines; dynamique des protéines; ingénierie et conception des protéines

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Jean-François Couture

Corécipiendaire

Professeur titulaire et directeur du programme
de médecine moléculaire et translationnelle de
premier cycle
Département de biochimie, microbiologie et
immunologie, Université d’Ottawa

Description:

Le groupe Jean-François Couture travaille principalement sur la caractérisation fonctionnelle, biochimique et structurelle des enzymes de type histone-lysine méthyltransférase. Elle combine les analyses mutationnelles et la radiocristallographie pour comprendre le lien entre la structure et l’activité des méthyltransférases, et s’intéresse maintenant à l’optimisation de leur activité enzymatique. Le programme APRENTICE transmettra aux étudiants une vaste connaissance en ingénierie des protéines essentielle aux grandes avancées dans la conception de méthyltransférases améliorées qui optimiseront la floraison, la croissance et les mécanismes de défense des plantes.

Mots clés:

Radiocristallographie; épigénétique; conception de protéines; étude de la relation structure-activité

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Jeffrey Keillor

Corécipiendaire

Professeur titulaire et titulaire de la Chaire de recherche de l’Université en chimie bio-organique
Département de chimie et sciences biomoléculaires, Université d’Ottawa

Description:

Les étudiants récipiendaires d’une bourse du Programme FONCER qui feront partie du groupe Keillor travailleront sur deux projets de marquage des protéines très pertinents pour l’industrie biotechnologique qui comprennent la conception de protéines. Le premier consiste à mettre au point une technologie de marquage protéique impliquant la réaction sélective, efficace et bio-orthogonale entre une séquence peptidique cible et de petites molécules de marquage par fluorescence. L’autre projet porte sur la conception d’une séquence cible sur laquelle une enzyme de conception pouvant être coexprimée dans la cellule cible a le pouvoir de faire des modifications dirigées.

Mots clés:

Marquage des protéines; conception de protéines; transglutaminase; fluorogène; maléimide

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Joelle Pelletier

Corécipiendaire
Professeure titulaire
Département de chimie, Université de Montréal

Description:

Le groupe Pelletier accroît l’efficacité de la conception de protéines pour améliorer les outils diagnostiques, rendre la synthèse chimique plus 'verte' et remédier à la résistance aux antibiotiques tout en acquérant des connaissances sur l’évolution naturelle et artificielle des molécules. Il conçoit des approches computationnelles et expérimentales afin d’améliorer la création de banques de mutations 'intelligentes' exploitant le site actif des enzymes, et valide expérimentalement les variantes produites. Par son travail, chaque membre apprend les règles générales de la conception de protéines. Pour que les progrès soient rapides, le groupe collabore avec des experts qui donnent de la formation pratique sur les protéines de grande qualité, qui viennent diversifier les champs d’expertise et qui enrichissent sa culture scientifique collective.

Mots clés:

Ingénierie des protéines; biocatalyse; enzymologie; biologie structurale; modélisation moléculaire informatique; dynamique des protéines

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


John Pezacki

Corécipiendaire
Professeur titulaire
Département de chimie et sciences
biomoléculaires, Université d’Ottawa

Description:

Le groupe Pezacki conçoit des outils d’imagerie moléculaire et les utilise dans l’étude de processus biologiques complexes comme les interactions hôte-pathogène. Il produit des sondes chimiques servant à marquer les protéines pour explorer leur activité, et utilise des codes génétiques étendus pour l’intégration dirigée de fonctions artificielles. Il conçoit aussi des protéines P19 suppresseuses de l’interférence de l’ARN pour créer des outils d’étude de l’ARN non codant et le processus d’interférence. Dans ces projets, le groupe a eu recours à la monomérisation de la protéine dimère P19, a fusionné des gènes, a produit des gènes rapporteurs optogénétiques et a utilisé des bactéries au code génétique étendu pour incorporer des acides aminés non protéinogènes de façon localisée aux fins de liaison des sondes et pour créer des liaisons covalentes entre la protéine et son substrat.

Mots clés:

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Natalie Goto

Corécipiendaire
Professeure agrégée
Département de chimie et sciences
biomoléculaires, Université d’Ottawa

Description:

Le groupe Goto étudie la structure et la dynamique des protéines par RMN en solution. Il se concentre sur les protéines ayant une activité membranaire, ce qui comprend les protéines rhomboïdes, des protéases intramembranaires essentielles à diverses fonctions biologiques, et les protéines Min, qui sont essentielles à ce que la division cellulaire des bactéries se fasse au bon endroit. Les étudiants participants à APRENTICE travailleront en collaboration sur des projets de conception de protéines dans lesquels il faudra analyser la RMN pour déterminer la structure des protéines et mesurer leurs paramètres de dynamique, comme cela a été fait lors de collaborations avec les groupes Chica, Pezacki et Keillor.

Mots clés:

RMN; structure des protéines; dynamique des protéines; protéines membranaires; protéases intramembranaires

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Nicolas Doucet

Corécipiendaire
Professeur agrégé
Institut national de la recherche scientifique – Institut
Armand-Frappier, Université du Québec

Description:

La recherche interdisciplinaire du professeur Doucet s’inspire de l’évolution dirigée et de la relaxation de la protéine à la suite d’une RMN et combine ces méthodologies pour démontrer l’efficacité de l’analyse fonctionnelle de la flexibilité en conception de protéines. En utilisant différents systèmes enzymatiques (RNase, xylanase et β-lactamase), les étudiants financés par le Programme FONCER étudieront la conservation de la dynamique conformationnelle parmi les homologues structurels et construiront des systèmes hybrides chimériques pour faire ressortir et exploiter la conservation évolutionnaire du mouvement des atomes dans la conception d’enzymes. De plus, le groupe Doucet transforme ses découvertes en partenariats avec les industries de la biotransformation et de la biosynthèse.

Mots clés:

Dynamique des protéines; conception d’enzymes; biologie structurale; biologie moléculaire; biotechnologie

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Robert Campbell

Corécipiendaire
Professeur titulaire
Département de chimie, Université de l’Alberta

Description:

Le milieu de la recherche neurobiologique s’approche rapidement d’un avenir "neurophotonique", où la modification génétique et les techniques optiques peu effractives remplaceront complètement les méthodes électrophysiologiques dans l’activation et l’enregistrement de l’activité neuronale. Le groupe Campbell joue le rôle de pionnier dans cette mission en concevant des protéines qui fluorescent (rapporteurs) ou qui changent de fonction (activateurs) à l’absorption de lumière visible. Dans leur travail, les étudiants du groupe utiliseront la conception de protéines guidée par la structure, l’évolution dirigée, l’imagerie de cellules vivantes et la spectroscopie par fluorescence.

Mots clés:

Fluorescent proteins; optogenetics; indicators; directed evolution; structure-guided design; library screening

Adresse électronique:

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Vous souhaitez faire un don ou devenir partenaire de l'équipe du Programme FONCER pour doter les étudiants de remarquables compétences de recherche en ingénierie des protéines? Écrivez à Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. pour en savoir plus.